Era el hijo del duque de Baviera, la región alemana de más tradición católica.
Por razones de herencia, apenas murió repentinamente su padre Otón III, lo coronaron a él emperador de Alemania. Este compromiso era  fuerte para él, porque no reinaba solamente en Alemania, sino también en Austria, Suiza, los Países Bajos y el Norte de Italia.
Tuvo la dicha de contraer matrimonio con Cunegunda de Luxemburgo, que más tarde llegaría a ser santa, y cuya fiesta tiene lugar el 3 de marzo.
Ella era estéril. No podía tener hijos. Y cosa inaudita para aquellos tiempos, el rey no la rechazó aunque la esterilidad, entre los nobles, era una causa de repudio.
Enrique tenía en su mente una idea muy clara acerca de lo que debía ser su imperio. La principal fue la unidad del Santo Imperio romano- germánico. Para lograrla, tuvo que luchar mucho.
Una segunda preocupación de su reinado consistió en la reforma de las costumbres y hábitos del Papado, acudiendo a la ayuda del rey francés Roberto el Piadoso.

Fueron años en los que hubo muchos Papas. También reforzó la influencia de la Iglesia en la sociedad. Para ello fundó el obispado de Bamberg y colaboró en la reforma de los monjes de Cluny.
Como no tuvo heredero, entregó al Señor todos sus bienes y su legado. Cuando murió en el año 1024, santa Cunegunda se fue a la abadía de Kaffungen, que ella misma había fundado.